Введение в RSAGA
RSAGA предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга SAGA GIS из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.
Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:
- ~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga
Теперь ни одно приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.
Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R. > library(RSAGA)
- настраиваем параметры окружения:
> work_env <- rsaga.env() # позволяем RSAGA самому определить параметры окружения > work_env # проверим параметры окружения $workspace [1] "." # текущая рабочая папка $cmd [1] "saga_cmd" $path [1] "/usr/bin" # путь к saga_cmd $modules [1] "/usr/lib/saga" # путь к модулям $version [1] "2.0.8" # версия SAGA
Обратите внимание, что в данном случае использовался Linux x64 и RSAGA, благодаря символьной ссылке, нашёл модули в /usr/lib хотя на самом деле они находились в /usr/lib64.
Если необходимо задать параметры окружения вручную, выполните следующую команду: > work_env <- rsaga.env(workspace='путь_к_рабочей_папке', + path = '/usr/bin', # задаёт путь к saga_cmd + modules = '/usr/lib64/saga') # задаёт путь к модулям
Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей): > rsaga.get.libraries() [1] "contrib_a_perego" "docs_html" [3] "docs_pdf" "garden_3d_viewer" [5] "garden_webservices" "geostatistics_grid" ...и так далее.
В каждой библиотеке находится определённый набор модулей. Именно модули, вызываются для геообработки. Посмотрим список модулей внутри одной из библиотек: > rsaga.get.modules('grid_filter')
$grid_filter code name interactive 1 0 Simple Filter FALSE 2 1 Gaussian Filter FALSE 3 2 Laplacian Filter FALSE 4 3 Multi Direction Lee Filter FALSE 5 4 User Defined Filter FALSE 6 5 Filter Clumps FALSE 7 6 Majority Filter FALSE 8 7 DTM Filter (slope-based) FALSE 9 8 Morphological Filter FALSE 10 9 Rank Filter FALSE
В колонке 'name' выводится имя модуля (это имя мы видим в самой SAGA GIS); колонка 'interactive' показывает, является ли модуль интерактивным, а колонка 'code' содержит ID модуля, который необходимо указывать при обращении к данному модулю (обратите внимание, что нумерация начинается с 0).
Теперь мы хотим узнать, как использовать модуль 'DTM Filter (slope-based)':
> rsaga.get.usage('grid_filter', 7)
Usage: saga_cmd -INPUT <str> [-RADIUS <num>] [-TERRAINSLOPE <str>] [-STDDEV] -GROUND <str> -NONGROUND <str> -INPUT:<str> Grid to filter Grid (input) -RADIUS:<num> Search Radius Integer Minimum: 1.000000 -TERRAINSLOPE:<str> Approx. Terrain Slope Floating point Minimum: 0.000000 -STDDEV Use Confidence Interval Boolean -GROUND:<str> Bare Earth Grid (output) -NONGROUND:<str> Removed Objects Grid (output)
library path: /usr/lib/saga library name: libgrid_filter module name : DTM Filter (slope-based) Мы получили детальную информацию о параметрах (и соответствующих типах данных), которые мы должны задать для корректного использования модуля. Теперь надо подготовить данные, которые мы хотим обработать. RSAGA работает только с grid-форматами (.srgd) растров, поэтому надо конвертировать наши данные, изначально имеющие формат GeoTiff: > rsaga.import.gdal('lidar.tif') В результате в папке с оригиналом будет создан файл, имеющий то же название, но с расширением .srgd: 'lidar.srgd'.
Теперь, наконец, можно запустить нашу первую команду геообработки: > rsaga.geoprocessor('grid_filter', module = 7, + env = work_env, + param = list(INPUT = 'lidar.sgrd', + RADIUS = 20, + TERRAINSLOPE = 0, + STDDEV = T, + GROUND = 'ground', + NONGROUND = 'non_ground') + )
Заключение Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями SAGA GIS. Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании. Модули обработки гридов принимают только формат .srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске. Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA GIS) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.