Voltron в 10:33, 22 марта 2012

2012-03-22T10:33:25Z

← Предыдущая версия		Версия от 12:33, 22 марта 2012
Строка 1:		Строка 1:
	{{Статья\|~~Черновик~~}}		{{Статья\|Опубликована\|openmodeller-demo}}
	<p class="ann">Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop.</p>		<p class="ann">Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop.</p>

Максим Дубинин: переименовал Hiche modelling with openModeller Desktop в Пример использования openModeller Desktop для новых условий

2012-03-22T10:22:04Z

переименовал Hiche modelling with openModeller Desktop в Пример использования openModeller Desktop для новых условий

← Предыдущая версия	Версия от 12:22, 22 марта 2012
(нет различий)

Voltron в 15:03, 21 марта 2012

2012-03-21T15:03:47Z

← Предыдущая версия		Версия от 17:03, 21 марта 2012
Строка 8:		Строка 8:
	Чтобы повторить описанные в статье примеры необходимо:		Чтобы повторить описанные в статье примеры необходимо:
	# [http://sourceforge.net/projects/openmodeller/files/openModeller%20Desktop/1.1.0/openModellerDesktopSetup1.1.0.exe/download загрузить] и установить openModeller Desktop		# [http://sourceforge.net/projects/openmodeller/files/openModeller%20Desktop/1.1.0/openModellerDesktopSetup1.1.0.exe/download загрузить] и установить openModeller Desktop
	# [http://gis-lab.info/data/samples/om~~-desktop~~-demo.7z загрузить] архив с данными и распаковать его в какой-нибудь каталог.		# [http://gis-lab.info/data/samples/om-demo.7z загрузить] архив с данными и распаковать его в какой-нибудь каталог.

	После распаковки архив с данными мы получим:		После распаковки архив с данными мы получим:

Voltron: Новая страница: «{{Статья|Черновик}}
Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop.
В статье [http://g...»

2012-03-21T15:00:15Z

Новая страница: «{{Статья|Черновик}} Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop. В статье [http://g...»

Новая страница

{{Статья|Черновик}}
Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop.

В статье [http://gis-lab.info/qa/openmodeller-intro.html «Начало работы с openModeller»] было показано как использовать openModeller Desktop для выявления областей, уязвимых к появлению инвазивных видов. Еще одна задача, которую можно решать при помощи openModeller — моделирование распространения видов в зависимости от изменения климата.

=== Данные и ПО ===

Чтобы повторить описанные в статье примеры необходимо:
# [http://sourceforge.net/projects/openmodeller/files/openModeller%20Desktop/1.1.0/openModellerDesktopSetup1.1.0.exe/download загрузить] и установить openModeller Desktop
# [http://gis-lab.info/data/samples/om-desktop-demo.7z загрузить] архив с данными и распаковать его в какой-нибудь каталог.

После распаковки архив с данными мы получим:
* набор из 4х слоёв, описывающих текущий климат (папка CRU_CL1-present)
* набор из 4х слоёв, описывающих один из вариантов будущего климата (папка CRU_CL1-2050A2c)
* текстовый файл с описанием точек встречи нескольких видов на территории Австралии (Drosera_localities.txt)

=== Подготовка ===

openModeller Desktop работает не с отдельными слоями, а с так называемыми «наборами слоёв» (layersets). Каждый набор может состоять из произвольного числа растровых слоёв, которые представляют некие экологические, климатические и/или какие-то другие величины. Поэтому, прежде чем приступать непосредственно к моделированию, создадим необходимые наборы слоёв. Для этого

* запустим openModeller Desktop
* откроем менеджер наборов данных, нажав на кнопку <tt>LayerSets</tt>
* т.к. наборов еще нет, нам сразу предлагают создать новый. Зададим название набора «Present day climate»
* нажмем кнопку с зеленым знаком <tt>+</tt> 
[[Файл:openmodeller-demo-01.png|center]]
* укажем путь к папке CRU_CL1-present
* выберем все слои из этой папки 
[[Файл:openmodeller-demo-02.png|center]]
* нажмем <tt>Apply</tt>, новый набор должен появиться в списке <tt>Available layersets</tt> 
[[Файл:openmodeller-demo-03.png|center]]

Под списком <tt>Available layersets</tt> расположены кнопки управления наборами слоёв. Нам необходимо создать еще один набор, поэтому жмем на кнопку <tt>New LayerSet</tt> (первая слева) и, действуя по описанному выше алгоритму, создадим набор «Future climate» используя слои из папки CRU_CL1-2050A2c.

На этом подготовка закончена.

=== Поиск мест потенциального обитания вида ===

Имея данные о местах встречи вида на каком-то одном контитенте можно смоделировать распределение это вида по всему миру. Делается это так:

* запускаем openModeller Desktop
* откроем редактор экспериментов, нажав <tt>New Experiment</tt>
* зададим название эксперимента 
[[Файл:openmodeller-demo-04.png|center]]
* группе <tt>Occurrence data</tt> нажимаем зеленый <tt>+</tt> и открываем файл <tt>Drosera_localities.txt</tt>. В этом файле находятся данные о точках встречи нескольких видов на территории Австралии
* после загрузки файла снимаем галки во всех видов кроме Drosera_stolonifera 
[[Файл:openmodeller-demo-05.png|center]]
* в списке алгоритмов выбираем <tt>Climate Space Model</tt>
* в группе <tt>Model Settings</tt> (набор используемый для обучения) выбираем набор «Present day climate»
* в группе <tt>Projection Settings</tt> (набор, используемый для предсказания) выбираем набор «Present day climate»
* поле <tt>Template</tt> оставляем без изменений
* поле <tt>Output format</tt> меняем на <tt>Arc/Info ASCII (floating point)</tt>
* при необходимости указываем другой каталог для сохранения результатов в поле <tt>Data directory</tt>
* запускаем моделированием нажатием на <tt>OK</tt>

Через пару минут (в зависимости от производительность оборудования) модель будет построена и применена к набору «Present day climate»
[[Файл:openmodeller-demo-06.png|center]]

=== Применение модели к нескольким наборам слоёв ===

Чтобы получить предполагаемое распределение вида в будущем необходимо кроме точек встречи иметь два набора слоёв: описание текущих и предполагаемых условий. Модель строится с использованием текущих условий, а применяться будет к набору, описывающему предполагаемые условия:

* запускаем openModeller Desktop
* откроем редактор экспериментов, нажав <tt>New Experiment</tt>
* зададим название эксперимента
* группе <tt>Occurrence data</tt> нажимаем зеленый <tt>+</tt> и открываем файл <tt>Drosera_localities.txt</tt>. В этом файле находятся данные о точках встречи нескольких видов на территории Австралии
* после загрузки файла снимаем галки во всех видов кроме Drosera_stolonifera
* в списке алгоритмов выбираем <tt>Climate Space Model</tt>
* в группе <tt>Model Settings</tt> (набор используемый для обучения) выбираем набор «Present day climate»
* в группе <tt>Projection Settings</tt> (набор, используемый для предсказания) выбираем оба набора «Future climate» и «Present day climate».
* поле <tt>Template</tt> оставляем без изменений
* поле <tt>Output format</tt> меняем на <tt>Arc/Info ASCII (floating point)</tt>
* при необходимости указываем другой каталог для сохранения результатов в поле <tt>Data directory</tt>
* запускаем моделированием нажатием на <tt>OK</tt>

Дождавшись окончания процесса мы получим два растра, показывающих распределения вида в текущих (слева) и предполагаемых (справа) условиях.
{|align="center"
|-valign="top"
|[[Файл:openmodeller-demo-06.png|thumb|400px]]
|[[Файл:openmodeller-demo-07.png|thumb|400px]]
|}

'''Примечание''': выбирать оба набора данных в группе <tt>Projection Settings</tt> не обязательно, т.к. распределение вида в текущих условиях мы получили после выполнения предыдущего примера. Поэтому, можно было бы указать только набор «Future climate» и получить только один растр — показывающий распределение вида в предполагаемых условиях. Точно так же можно опустить первый пример и выполнить только второй, т.к. он дает как текущую картину, так и предполагаемую.

=== Ссылки по теме ===

# [http://openmodeller.sourceforge.net/ openModeller Home]
# [http://gis-lab.info/qa/openmodeller-intro.html Начало работы с openModeller]
# [http://gis-lab.info/qa/openmodeller-cmd.html Консольные приложения openModeller]
# [http://gis-lab.info/qa/openmodeller-request.html Описание request-файлов openModeller]
# [http://gis-lab.info/qa/gbif-intro.html Глобальная база данных по биоразнообразию — GBIF]

Пример использования openModeller Desktop для новых условий - История изменений

Voltron в 10:33, 22 марта 2012

Максим Дубинин: переименовал Hiche modelling with openModeller Desktop в Пример использования openModeller Desktop для новых условий

Voltron в 15:03, 21 марта 2012

Voltron: Новая страница: «{{Статья|Черновик}} Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop. В статье [http://g...»

Voltron: Новая страница: «{{Статья|Черновик}}
Моделирование экологических ниш в openModeller Desktop.
В статье [http://g...»