Введение в RSAGA - История изменений

Александр Мурый в 05:56, 24 апреля 2013

2013-04-24T05:56:15Z

← Предыдущая версия		Версия от 07:56, 24 апреля 2013
Строка 1:		Строка 1:
	{{Статья\|~~Черновик~~}}		{{Статья\|Опубликована\|rsaga-intro}}
	{{Аннотация\| В данной статье описана подготовка к использованию модулей SAGA GIS в среде R посредством пакета RSAGA. Продемонстрированы базовые приёмы вызовов модулей SAGA из R}}		{{Аннотация\| В данной статье описана подготовка к использованию модулей SAGA GIS в среде R посредством пакета RSAGA. Продемонстрированы базовые приёмы вызовов модулей SAGA из R}}
	[[http://ssrebelious.blogspot.ru/2013/03/rsaga-getting-started.html via Misanthrope's Thoughts]]		[[http://ssrebelious.blogspot.ru/2013/03/rsaga-getting-started.html via Misanthrope's Thoughts]]

Александр Мурый: переименовал Начало работы с RSAGA в Введение в RSAGA: такое название больше соответствует текущему содержанию статьи

2013-04-24T05:49:55Z

переименовал Начало работы с RSAGA в Введение в RSAGA: такое название больше соответствует текущему содержанию статьи

← Предыдущая версия

Версия от 07:49, 24 апреля 2013

SSSRebelious в 12:55, 18 апреля 2013

2013-04-18T12:55:08Z

← Предыдущая версия		Версия от 14:55, 18 апреля 2013
Строка 104:		Строка 104:
	+ )		+ )
	</syntaxhighlight>		</syntaxhighlight>
			Результат работы сохраняется в ту же папку, где находится исходный файл. Если требуется сохранить результат в другую директорию, то вместе с именем выходного файла (или файловов) следует указать полный путь к нему.

	===Заключение===		===Заключение===
	Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями SAGA GIS. Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании. Модули обработки гридов принимают только формат .srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске. Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA GIS) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.		Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями SAGA GIS. Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании. Модули обработки гридов принимают только формат .srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске. Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA GIS) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.

SSSRebelious: Общая корректировка

2013-03-31T11:24:49Z

Общая корректировка

← Предыдущая версия		Версия от 13:24, 31 марта 2013
Строка 5:		Строка 5:
	[http://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/ RSAGA] предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга [http://www.saga-gis.org/ SAGA GIS] из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.		[http://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/ RSAGA] предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга [http://www.saga-gis.org/ SAGA GIS] из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.

			===Особенности настройки в Linux===
	Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:		Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:
	<syntaxhighlight lang="bash">:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="bash">:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga</syntaxhighlight>
	Теперь любое приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.		Теперь любое приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.

			===Настройка окружения в R===
	Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.		Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.
	<syntaxhighlight lang="rsplus">		<syntaxhighlight lang="rsplus">
Строка 31:		Строка 33:
	</syntaxhighlight>		</syntaxhighlight>

			===Работа с модулями геообработки===
	Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей):		Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей):
	<syntaxhighlight lang="rsplus">		<syntaxhighlight lang="rsplus">

SSSRebelious в 11:18, 31 марта 2013

2013-03-31T11:18:03Z

← Предыдущая версия		Версия от 13:18, 31 марта 2013
Строка 7:		Строка 7:
	Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:		Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:
	<syntaxhighlight lang="bash">:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="bash">:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga</syntaxhighlight>
	Теперь ~~ни одно~~ приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.		Теперь любое приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.

	Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.		Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.

SSSRebelious в 10:01, 31 марта 2013

2013-03-31T10:01:58Z

← Предыдущая версия		Версия от 12:01, 31 марта 2013
Строка 96:		Строка 96:
	+ RADIUS = 20,		+ RADIUS = 20,
	+ TERRAINSLOPE = 0,		+ TERRAINSLOPE = 0,
	+ STDDEV = T,		+ STDDEV = TRUE,
	+ GROUND = 'ground',		+ GROUND = 'ground',
	+ NONGROUND = 'non_ground')		+ NONGROUND = 'non_ground')

SSSRebelious: Отформатировал код, вставил ссылки по теме

2013-03-31T08:54:58Z

Отформатировал код, вставил ссылки по теме

← Предыдущая версия		Версия от 10:54, 31 марта 2013
Строка 1:		Строка 1:
	{{Статья\|Черновик}}		{{Статья\|Черновик}}
	[[http://ssrebelious.blogspot.ru/ via Misanthrope's Thoughts]]		{{Аннотация\| В данной статье описана подготовка к использованию модулей SAGA GIS в среде R посредством пакета RSAGA. Продемонстрированы базовые приёмы вызовов модулей SAGA из R}}
			[[http://ssrebelious.blogspot.ru/2013/03/rsaga-getting-started.html via Misanthrope's Thoughts]]

	[http://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/ RSAGA] предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга [http://www.saga-gis.org/ SAGA GIS] из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.		[http://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/ RSAGA] предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга [http://www.saga-gis.org/ SAGA GIS] из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.

	Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:		Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:
	:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga		<syntaxhighlight lang="bash">:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga</syntaxhighlight>
	Теперь ни одно приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.		Теперь ни одно приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.

	Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.		Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> library(RSAGA)		> library(RSAGA)

Строка 19:		Строка 21:
	$modules [1] "/usr/lib/saga" # путь к модулям		$modules [1] "/usr/lib/saga" # путь к модулям
	$version [1] "2.0.8" # версия SAGA		$version [1] "2.0.8" # версия SAGA
			</syntaxhighlight>
	Обратите внимание, что в данном случае использовался Linux x64 и RSAGA, благодаря символьной ссылке, нашёл модули в /usr/lib хотя на самом деле они находились в /usr/lib64.		Обратите внимание, что в данном случае использовался Linux x64 и RSAGA, благодаря символьной ссылке, нашёл модули в /usr/lib хотя на самом деле они находились в /usr/lib64.

	Если необходимо задать параметры окружения вручную, выполните следующую команду:		Если необходимо задать параметры окружения вручную, выполните следующую команду:
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> work_env <- rsaga.env(workspace='путь_к_рабочей_папке',		> work_env <- rsaga.env(workspace='путь_к_рабочей_папке',
	+ path = '/usr/bin', # задаёт путь к saga_cmd		+ path = '/usr/bin', # задаёт путь к saga_cmd
	+ modules = '/usr/lib64/saga') # задаёт путь к модулям		+ modules = '/usr/lib64/saga') # задаёт путь к модулям
			</syntaxhighlight>

	Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей):		Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей):
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> rsaga.get.libraries()		> rsaga.get.libraries()
	[1] "contrib_a_perego" "docs_html"		[1] "contrib_a_perego" "docs_html"
Строка 33:		Строка 38:
	[5] "garden_webservices" "geostatistics_grid"		[5] "garden_webservices" "geostatistics_grid"
	...и так далее.		...и так далее.
			</syntaxhighlight>
	В каждой библиотеке находится определённый набор модулей. Именно модули, вызываются для геообработки. Посмотрим список модулей внутри одной из библиотек:		В каждой библиотеке находится определённый набор модулей. Именно модули, вызываются для геообработки. Посмотрим список модулей внутри одной из библиотек:
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> rsaga.get.modules('grid_filter')		> rsaga.get.modules('grid_filter')

Строка 49:		Строка 55:
	9 8 Morphological Filter FALSE		9 8 Morphological Filter FALSE
	10 9 Rank Filter FALSE		10 9 Rank Filter FALSE
			</syntaxhighlight>

	В колонке 'name' выводится имя модуля (это имя мы видим в самой SAGA GIS); колонка 'interactive' показывает, является ли модуль интерактивным, а колонка 'code' содержит ID модуля, который необходимо указывать при обращении к данному модулю (обратите внимание, что нумерация начинается с 0).		В колонке 'name' выводится имя модуля (это имя мы видим в самой SAGA GIS); колонка 'interactive' показывает, является ли модуль интерактивным, а колонка 'code' содержит ID модуля, который необходимо указывать при обращении к данному модулю (обратите внимание, что нумерация начинается с 0).

	Теперь мы хотим узнать, как использовать модуль 'DTM Filter (slope-based)':		Теперь мы хотим узнать, к примеру, как использовать модуль 'DTM Filter (slope-based)':
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> rsaga.get.usage('grid_filter', 7)		> rsaga.get.usage('grid_filter', 7)

Строка 75:		Строка 82:
	library name: libgrid_filter		library name: libgrid_filter
	module name : DTM Filter (slope-based)		module name : DTM Filter (slope-based)
			</syntaxhighlight>
	Мы получили детальную информацию о параметрах (и соответствующих типах данных), которые мы должны задать для корректного использования модуля. Теперь надо подготовить данные, которые мы хотим обработать. RSAGA работает только с grid-форматами (.srgd) растров, поэтому надо конвертировать наши данные, изначально имеющие формат GeoTiff:		Мы получили детальную информацию о параметрах (и соответствующих типах данных), которые мы должны задать для корректного использования модуля. Теперь надо подготовить данные, которые мы хотим обработать. RSAGA работает только с grid-форматами (.srgd) растров, поэтому надо конвертировать наши данные, изначально имеющие формат GeoTiff:
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> rsaga.import.gdal('lidar.tif')		> rsaga.import.gdal('lidar.tif')
			</syntaxhighlight>
	В результате в папке с оригиналом будет создан файл, имеющий то же название, но с расширением .srgd: 'lidar.srgd'.		В результате в папке с оригиналом будет создан файл, имеющий то же название, но с расширением .srgd: 'lidar.srgd'.

	Теперь, наконец, можно запустить нашу первую команду геообработки:		Теперь, наконец, можно запустить нашу первую команду геообработки:
			<syntaxhighlight lang="rsplus">
	> rsaga.geoprocessor('grid_filter', module = 7,		> rsaga.geoprocessor('grid_filter', module = 7,
	+ env = work_env,		+ env = work_env,
Строка 89:		Строка 100:
	+ NONGROUND = 'non_ground')		+ NONGROUND = 'non_ground')
	+ )		+ )
			</syntaxhighlight>
			===Заключение===
			Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями SAGA GIS. Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании. Модули обработки гридов принимают только формат .srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске. Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA GIS) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.

	~~Заключение~~		==Ссылки по теме==
	~~Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями~~ SAGA ~~GIS~~. ~~Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании~~. ~~Модули обработки гридов принимают только формат~~ .~~srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске~~. ~~Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA~~ GIS~~) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.~~		*[http://gis-lab.info/qa/saga-intro.html Открытая настольная ГИС SAGA - общая характеристика]
			*[http://gis-lab.info/qa/rspatial.html Возможности работы с пространственными данными статистического пакета R]
			*[http://gis-lab.info/qa/grass-r.html Анализ данных с использованием GRASS GIS и R]

SSSRebelious: Создан черновик статьи RSAGA

2013-03-31T08:27:38Z

Создан черновик статьи RSAGA

Новая страница

{{Статья|Черновик}}
[[http://ssrebelious.blogspot.ru/ via Misanthrope's Thoughts]]

[http://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/ RSAGA] предоставляет доступ к алгоритмам геопроцессинга [http://www.saga-gis.org/ SAGA GIS] из среды R. Наличие установленной SAGA GIS является (довольно очевидным) требованием для использования RSAGA.

Иногда в Linux x64 необходимы дополнительные приготовления. SAGA, так же как и другие программы, которые будут пытаться использовать SAGA в Linux обычно ищут эти модули в /usr/lib/saga, но в Linux x64, модули SAGA скорее всего будут установлены в /usr/lib64/saga. Конечно же можно задать необходимые параметры окружения, но самым «ленивым» и наиболее эффективным способом в этом случае будет просто добавление символьной ссылки на /usr/lib64/saga (или другой корректный путь к модулям) из директории /usr/lib/saga:
:~> sudo ln -s /usr/lib64/saga /usr/lib/saga
Теперь ни одно приложение с лёгкостью найдёт модули SAGA.

Перейдём к настройке доступа к модулям SAGA из R.
> library(RSAGA)

# настраиваем параметры окружения:
> work_env <- rsaga.env() # позволяем RSAGA самому определить параметры окружения
> work_env # проверим параметры окружения
$workspace [1] "." # текущая рабочая папка
$cmd [1] "saga_cmd"
$path [1] "/usr/bin" # путь к saga_cmd
$modules [1] "/usr/lib/saga" # путь к модулям
$version [1] "2.0.8" # версия SAGA

Обратите внимание, что в данном случае использовался Linux x64 и RSAGA, благодаря символьной ссылке, нашёл модули в /usr/lib хотя на самом деле они находились в /usr/lib64.

Если необходимо задать параметры окружения вручную, выполните следующую команду:
> work_env <- rsaga.env(workspace='путь_к_рабочей_папке',
+ path = '/usr/bin', # задаёт путь к saga_cmd
+ modules = '/usr/lib64/saga') # задаёт путь к модулям

Мы убедились, что для RSAGA корректно заданы параметры окружения. Теперь можно посмотреть список доступных библиотек (наборов модулей):
> rsaga.get.libraries()
[1] "contrib_a_perego" "docs_html"
[3] "docs_pdf" "garden_3d_viewer"
[5] "garden_webservices" "geostatistics_grid"
...и так далее.

В каждой библиотеке находится определённый набор модулей. Именно модули, вызываются для геообработки. Посмотрим список модулей внутри одной из библиотек:
> rsaga.get.modules('grid_filter')

$grid_filter
code name interactive
1 0 Simple Filter FALSE
2 1 Gaussian Filter FALSE
3 2 Laplacian Filter FALSE
4 3 Multi Direction Lee Filter FALSE
5 4 User Defined Filter FALSE
6 5 Filter Clumps FALSE
7 6 Majority Filter FALSE
8 7 DTM Filter (slope-based) FALSE
9 8 Morphological Filter FALSE
10 9 Rank Filter FALSE

В колонке 'name' выводится имя модуля (это имя мы видим в самой SAGA GIS); колонка 'interactive' показывает, является ли модуль интерактивным, а колонка 'code' содержит ID модуля, который необходимо указывать при обращении к данному модулю (обратите внимание, что нумерация начинается с 0).

Теперь мы хотим узнать, как использовать модуль 'DTM Filter (slope-based)':

> rsaga.get.usage('grid_filter', 7)

Usage: saga_cmd -INPUT <str> [-RADIUS <num>] [-TERRAINSLOPE <str>] [-STDDEV] -GROUND <str> -NONGROUND <str>
-INPUT:<str> Grid to filter
Grid (input)
-RADIUS:<num> Search Radius
Integer
Minimum: 1.000000
-TERRAINSLOPE:<str> Approx. Terrain Slope
Floating point
Minimum: 0.000000
-STDDEV Use Confidence Interval
Boolean
-GROUND:<str> Bare Earth
Grid (output)
-NONGROUND:<str> Removed Objects
Grid (output)

library path: /usr/lib/saga
library name: libgrid_filter
module name : DTM Filter (slope-based)
Мы получили детальную информацию о параметрах (и соответствующих типах данных), которые мы должны задать для корректного использования модуля. Теперь надо подготовить данные, которые мы хотим обработать. RSAGA работает только с grid-форматами (.srgd) растров, поэтому надо конвертировать наши данные, изначально имеющие формат GeoTiff:
> rsaga.import.gdal('lidar.tif')
В результате в папке с оригиналом будет создан файл, имеющий то же название, но с расширением .srgd: 'lidar.srgd'.

Теперь, наконец, можно запустить нашу первую команду геообработки:
> rsaga.geoprocessor('grid_filter', module = 7,
+ env = work_env,
+ param = list(INPUT = 'lidar.sgrd',
+ RADIUS = 20,
+ TERRAINSLOPE = 0,
+ STDDEV = T,
+ GROUND = 'ground',
+ NONGROUND = 'non_ground')
+ )

Заключение
Мы рассмотрели настройку параметров работы пакета RSAGA, предназначенного для работы с модулями SAGA GIS. Однако RSAGA имеет определённые неудобства в использовании. Модули обработки гридов принимают только формат .srgd, а входящие и результирующие гриды должны физически храниться (сохраняться) на жёстком диске. Таким образом, использование RSAGA (вместо самой SAGA GIS) может быть удобно в большей степени для автоматизации повседневных задач.